日本猕猴生活在北纬31°-41°度之间，栖息地属于亚热带低地和亚高山地区。

在日本的中部和北部地区，范围温度为-15°C，雪深1米多，夏季温度23°C。

这些猴子可以在-15°C的严酷环境中生存，栖息范围包括落叶林、阔叶林和常绿林。这在灵长目动物生活的地方比其他任何一种猴子更靠北。

人们能够在高山森林里与岩石众多的小山坡上发现它们，因为这些地方积着很厚的雪。

日本猕猴栖息于丘陵森林、高原和山区，在日本四个不同的区域。在本州岛的西北部分，针叶树和落叶树是这里的优势植被。

在日本中部地区的猴子，可以在长野县山附近的一些由志贺高原火山加热的天然温泉中找到。第三个区域是大岛的岛上和海边，在洪托半岛。在这些北方地区，它们会凭经验在冬季和夏季前往不同地区。栖息地的最南部是压库志摩岛南部。在分布有亚热带和温带植物的常绿阔叶林可以看到它们。